地下世界で博士からシャフリングの詳しい仕様が明かされる。それは被験者の脳の中にもう一つの「止まった意識」を埋め込み、計算の際に接続を切り替えて使用するというシステムであった。ところがシャフリング被験者は主人公を除いた全員が死亡してしまう。被験者たちのジャンクションは共通して、「果物の匂い」による影響を受けていたという。
作中の登場人物たちはたびたび、脳や意識を「果物」に例えて話している。果実は皮に包まれ、中には果肉が詰まり、果肉は「種」を内包している。種子は次世代に新たな生命を継承する務めをもっており、生物にとって再生を意味する。脳に例えられている果物の匂いによって意識が混濁するというのは、生物に備わった再生へと向かう本能が止まった意識を刺激するためではないか。
「たぶんあなたには自然の抗体がそなわっていたのよ。私の言う感情的な殻のようなものね」（19章）
ところが主人公はもともと、「止まった意識」というものをひとりでに作り上げていた。止まった時計塔が象徴するように、「時間も空間も生も死も」（25章）存在しないもう一つの世界を生み出していた主人公だけが、何の不都合も無く二つの意識を切り替えて計算をし続けられてしまう。
しかし主人公も、1章時点ですでに「特定の匂い」によって二つの意識が結びついていると予感を抱いていたように、実際には果物の匂いによる影響を受けている。そしてその特定のフルーツというのが、「コーヒー」にあたる。コーヒーもフルーツの一種であり、木が生え、果実が実り、皮には果肉が包まれ、中に種子が内包されている。一般にコーヒー豆と呼ばれている豆とは種を指している（※下がコーヒーの木と果実）。
そして1章時点で示されていた通り、作中では主人公がコーヒーの匂いを嗅ぐと二つの意識が混濁し、人格に変化が引き起こされるという仕掛けが存在している。コーヒーがもたらす作用と、主人公の態度の変化を照らし合わせて読むことで、作品のより深い理解が可能となる。とくに博士が地下で説明する長い話の意味は、この仕組みを踏まえた上で読まないと理解不可能となっている。
もちろん私は肯いて中に入った。（1章）
私は少し迷ったが、それ以上の質問は控えることにした。私は他人に対してあれこれと質問を浴びせかけられる立場にはないのだ。（3章）
「それはどうも御親切に」と私は言った。（3章）
1章と3章では計算士として仕事をしに来た主人公が、職業的態度とでも呼べるような対応に徹し、あらゆる不可解な現象や存在にも平静を装って、折り目正しく振る舞い続ける姿が描かれている。奇妙な状況に置かれ、やみくろという未知の存在を耳にし、音抜きなどの神秘的現象を目の当たりにしても、自分の好奇心は抑えて余計な質問も意見もせず、相手に指示されるまま従う。サラリーマンに求められるような隷属的態度を崩さず、ひたすら仕事の遂行に専念し、場の状況に自分を合わせ続けるのだ。この辺りは過去記事（１） （２）で詳しく解説しているので参照してほしい。
ところがこの態度はコーヒーを飲むことによって一変する。
研究室で「洗い出し」という計算をする前に、主人公はコーヒーを要求している。主人公自身が右脳と左脳を用いて説明していたように、計算士は左右の脳を使って、つまり二つの意識を用いて計算をする。主人公はコーヒーの匂いによって二つの意識が活性化されているため、計算もはかどるというわけだ。
「これは世間に発表なさるつもりなんですか？」（3章）
「二人暮らしなんですか？」と私は質問してみた。（5章）
「家には帰らないんですか？」（5章）
するとこれまで余計な詮索などしなかった主人公が、仕事内容からプライベートに至るまで、遠慮会釈もなく質問を浴びせかけるようになる。この少し前には会話をするのが脳の回復に良いなどという前置きが設けられているが、これはミスリードにすぎない。主人公が問いただしている質問は自分の興味や関心を満たすような内容ばかりであり、自分の都合に相手を付き合わせているというところがポイントとなる。
「世界の終り」とは主人公の望みがかなうユートピアのような世界となっている。その世界と結びついた主人公は欲求を抑え込もうとせず、自然な感情を押し出すように態度が変化する。つまりコーヒーの匂いを嗅ぐことで、自分の意欲や衝動といった本能に忠実となり、積極的に相手に望みを押し付けるよう変貌したわけだ。二つの意識が混ざることによって表向きの装いが剥がされ、自然な態度に近づいたという変化が起きている。
特殊性。
胃拡張・長い髪・図書館……。（9章）
2度目にはレストランでコーヒーを飲んでから図書館に向かっている。ここで飲んだコーヒーの効果を受けて、「図書館」で働き「長い髪」をしているカンファレンスの女の子と、世界の終りの「図書館」で働き「長い髪」をしている女の子とが重ねられてしまう。そのため貸出禁止の本を無理やり借り出したり、家に帰った後にも電話をかけて家に来させたりなど、「世界の終り」で女の子に押し付けていたような強引な態度（6章参照）で迫るのだ（ただし現実の女性相手では自分の思い通りに事が運ばないため、後に失態を犯す）。
ところでコーヒーの効果はどれくらいの時間続いているのだろうか。この時コーヒーを飲んだのは昼で、女に電話をかけたのが4時50分。この間にもガス屋が頭骨を奪いに来たのに組織に連絡すらしなかったりと、職業的対応が後回しにされている。そして女が家に来たのが7時。ここまでコーヒー効果が続いているかは、後の地下世界の部分で解説する。
なおガス屋から「高校生の娘がいるんです」と聞かされて態度が甘くなったのも、「世界の終り」側で主人公が大切にしている17歳の（時点で影が死んだ）女の子が連想された背景があると考えられる。研究室でコーヒーを飲んだ後にも同様に、太った娘が17歳だと知ると「なじんできた」（5章）などと述べ、打ち解けた対応へと変化していた。
3度目は11章でシャフリングをする前にコーヒーを飲んでいる。目的と効果は洗い出しのときと同様で、両方の意識の活性化にある。コーヒーは何より計算士としての仕事の役に立っている。
4度目は太った娘から電話で起こされ、呼び出されたスーパーマーケットでコーヒーを飲んでいる。その後、家に帰って寝ていると小男と大男の二人組が押しかけてくる。二人組は部屋を破壊したり、所属している組織を離れるよう提案をして、主人公を通常の日常生活から切り離す。彼らとの接触を機に、主人公は自分の内面問題と向き合わざるを得ない状況に追い込まれていくのだが、このとき小男の提案を受けた背景にもコーヒー効果が作用している。小男は提案の「前後」に、街に住んでいる大佐を思い起こさせるような振る舞いをしているのだ。
小男は提案をする前にハンカチを持ち出している。その仕草が主人公の目を引き、「ハンカチを持っている男は信用しない」などとわざわざ否定的な見解が差し挟まれているが、結局はその信用できないはずの男の提案をそのまま受け入れることになる。作中で他にハンカチを使っている人物は一人しかいない、それが大佐だ。
（8章 大佐）
（15章 小男）
提案を終えた後には主人公の取るべき選択をチェスに例えながら説得している。この内容も8章で大佐が話していた内容と被っている。このように小男は大佐を思い起こさせるような仕草や例え話を前後に置き、提案を挟み込んでいるのだ。主人公が小男に最終的に従ってしまっているのは、「世界の終り」で主人公の指導者役を担っている大佐の存在と重なねられたためという理由がありそうだ。
問題は次の場面だ。太った娘に連れられて地下へと降りていくと、博士の研究所でばらまかれた大量のコーヒーを目の当たりにする。
まず研究所の扉を開けた瞬間にコーヒーの匂いを嗅ぎつける描写がある。続けて研究所内でばらまかれたコーヒーの量についての不自然さが指摘され、読者に注意と洞察を促している。そして後に博士が「一度研究所に戻って確かめてみた」と述べていることからして、このコーヒーとは博士の手によって作為的にばらまかれたものだと推測できる。
ここでは主人公に二つの意識を結びつかせる目的で、博士が大量のコーヒーをばらまいていたと考えられる。ただし結びついた意識とは、これまでの「止まった意識」、つまり「世界の終り」ではない。ここで博士が地下で説明する長い話が重要となってくる。
「私はそのブラックボックスを映像化することに成功したのです」
「そしてその回路に私の編集し直した意識の核を組み込んじまったわけです」
（25章）
博士は主人公の意識の核（無意識＝世界の終り）の内容を、映像化して編集し、それを第三の思考システムとして脳に埋め込んでいた。そして主人公が11章で行ったシャフリングにより、第二回路から第三回路へと接続が切り替わるよう変更されていたのだ。
上の回路図画像の右側がシャフリング前の状態であり、これまではコーヒーの匂いによって第一回路と第二回路が結びついていた。そして左の図がシャフリング後にあたり、今度は第一回路と第三回路が結びつくように差し変えられている。主人公は研究所でコーヒーの匂いを嗅いだことで、博士が編集し映像化したという第三回路に意識が結びつけられたわけだ。
よって地下で描かれる暗黒の世界では、主人公の意識内で第三回路が機能している状態にある。第三回路がどのような内容であるかは説明されていない。しかし博士が編集した第三の思考システムというのは、第二（世界の終り）を「トレース」して「マッピング」して「映像化」したものに「編集」を加えたと説明されている。そのため地下世界でも中央に塔がそびえていたり、まっすぐな水路を進んでいくなど、構造が「世界の終り」と同じものになっていると考えられる。
主人公は地下世界の天井が「なめらかなドーム型」で「明らかに人為的に手を加えられた」ものだと不思議に思っているが、これは上空までマッピングをするのが不可能であるために、やむなく博士がとった措置だろう。ほかにも水路に当たる通路が「ボウリング・レーンのように平ら」（23章）だったり、ヒルがうごめいている穴が「コンパスを使って描いたような綺麗な円形」と描写されているが、これもコンピューターで処理したため不自然に均一された形になったものと解釈できる。
「第三回路が固定されて、第二回路が死んだわけですね？」
「そういうことです」（27章）
私も腕時計を見た。六時二十五分だった。（27章）
博士は第三回路に固定された時間が「6時間前」だと証言している。そして6時間前というのがちょうど主人公が研究所にいた時刻であるというのも、コーヒーが作用した裏付けとして扱える。これで前述したコーヒー効果の持続時間というのも、最低6時間は保証されることになる。
しかしこの説には一つ疑問が残る。主人公はシャフリング後に太った娘に呼び出されたスーパーマーケットで（4度目の）コーヒーを飲んでいるのだから、ここで第三回路に接続されていないとおかしいのではないか？という矛盾が生れる。しかし博士自身がジャンクションBの溶解が「六時間ほど前」と言っているのだから、コーヒーの匂いで第三回路に繋がったのはスーパーマーケットではなく研究所ということになる。
これに対する明確な回答が出せず申し訳ないが、小男の発言から一つ仮説を立ててみると、シャフリングデータは「綿密」に作り上げた「時限爆弾」のようなもので、第三回路に切り替わるまでには時間の猶予があった。そのためスーパーマーケットの時点ではまだ第三回路に結びついていなかった。そう捉えると太った娘が主人公を起こしに来て地下へと引っぱって行った時間というのも、きちんと爆弾が爆発する時間に合わせるよう仕組まれていたと考えられる。
地底の暗闇の中で十七歳の少女と抱きあっていると、そんな生活はもう二度と戻ることのない幻のように感じられた。
やがて彼女の乳房が私の胸にしっかりと押しつけられて、彼女の唇が開き、柔かな舌があたたかい息とともに私の口の中にもぐりこんできた。彼女の舌先が私の舌のまわりを舐め、指先が私の髪の中を探った。（21章）
やみくろの聖域（ドーム状の場所）に入る直前には何があったかというと、太った娘と激しいキスを交わしている。この行為が第三回路の映像を展開させるためのトリガーであった、とも考えられる。キスには肉体的な融合という意味があるほか、主人公はキスをしながら相手が「17歳の女の子」であることを意識しているから、当然「世界の終り」側にいる17歳の（時点で影が死んだ）女の子が呼び起こされていたはずである。さらに、博士には主人公と娘を結び付けようとする意図があったこと、そしてなぜ娘が地下世界の案内役を担っているのかを踏まえるならば、第三回路のヒロインとして娘が機能していたとしてもおかしくない。
「ふうん」と私はうなった。「それで、充電しおわるのに何分くらいかかるんだい？」
「十五分。三十分動いて、十五分休むの」（19章）
地下で娘が操作している「やみくろ避けの装置」というのも不可解な点が多い。娘は博士が持っている装置と組み合わせれば片方を充電しながら進める…と説明しているが、それならなぜ初めから2つ備えていなかったのだろうか。
そしてこの装置が起動する時間と充電する時間とが30分と15分であるというのは、洗い出しの際に説明されていた「一時間働くと三十分休む」、というサイクルのちょうど半分となっている。これは主人公の意識の稼働時間に対応していると思われる。また非常な場合には「乾電池と水と薄い金属片」があれば簡易的な装置が作れるというのだが、この簡単な回路で何が起こせるかを考えれば、ジャンクションの切り替えを行うために主人公の頭に埋め込まれている「電極と小型電池」（25章）に作用している、という解釈も成り立つ。
この装置は効果についても疑わしい。地上へ戻る際には実際に装置を切り替えながら使用しているのだが、まず7時18分に1回目の使用をした後、途中で切り替え、次に切り替えた時間は8時20分となっている。つまり電源が途切れていた時間が2分間あったということになる。さらにその次に装置を切り替えた時間が記されているのは9時53分となっているので、またもどこかで途切れていたことになる。やみくろには警戒するようにと再三説かれていながら、装置の方はかなりいい加減な使われ方がされているのだ。
